Der Vorstand der Gesellschaft ist das Entscheidungsgremium für Angelegenheiten, die nicht der Mitgliederversammlung vorbehalten sind. Ihm gehören die Präsidentin, der Vizepräsident, das Geschäftsführende Vorstandsmitglied und sieben weitere Mitglieder an. Der Vorstand wird im Rahmen der DGO-Jahrestagung alle zwei Jahre von der Mitgliederversammlung gewählt. Er setzt sich zur Zeit wie folgt zusammen:
Prof. Dr. Rita Süssmuth
Präsidentin
Bundestagspräsidentin a.D.
Prof. Dr. Wolfgang Eichwede
Vizepräsident
Prof. Dr. Thomas Bremer
Geschäftsführendes Vorstandsmitglied
Katholisch-Theologische Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität, Münster
Prof. Dr. Timm Beichelt
Viadrina Universität, Frankfurt/ Oder
Prof. Dr. Christine Engel
Institut für Slavistik, Universität Innsbruck
Prof. Dr. Sebastian Lentz
Direktor des Leibniz Instituts für Länderkunde, Leipzig
Prof. Dr. Rainer Lindner
Ost-Ausschuss der Deutschen Wirtschaft, Berlin
Prof. Dr. Birgit Menzel
Institut für Slavistik, Johannes-Gutenberg-Universität Mainz, Germersheim
Prof. Dr. Angelika Nussberger
Direktorin des Instituts für Ostrecht der Universität zu Köln
Prof. Dr. Hans-Henning Schröder
Forschungsstelle Osteuropa an der Universität Bremen und Stiftung Wissenschaft und Politik (SWP), Berlin